回答が遅くなってしまい、すいません。放置していたわけではないので、お許しください。
さて、ソースのななめ読みなので、意図してやりたいことがイマイチ見えてないのですが、
FileNumber形式で、ファイルオープン(Openメソッド)使う形だとバイナリ分割は
Visual Basic の旧スタイルの書き方(VB6.0以前の書き方)で、セキュリティの問題など、
何かと厄介な問題が付きまといます。
またこの書き方だと確かにバイナリ分割は面倒なので、VB.NETの準拠した
FileStreamやMemoryStreamを使った書き方に直した方がよさそうです。
Openメソッドでバイナリ扱うとSeekの位置をイチイチ確認しないと簡単に
分割できないのと、あとでコードのメンテナンスがしずらくなってしまいます。
Gushwellさんもアドバイスしている通り、
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/36b93480(VS.80).aspx
にFileStreamやMemoryStreamで読み取ったバイナリを分割し、
Writeする方法に書き直してみては如何でしょうか?
やり方がよくわからないという場合は、別途ご相談ください。