環境変数の意味を勘違いされてますね。
■ISAPI側の「SetEnvironmentVariable」はプラットフォームSDK用のAPI、すなわちWindows OSに定義されている環境変数を設定するときに使用するものです。
（例：PATHとか、TEMP等）
■ASP側の「Request.ServerVariables」は、HTTPやWebサーバー（IIS）固有の環境変数を取得する時に使用するものです。
（例：SERVER_NAME、REMOTE_ADDR等）
なので、そもそも「環境変数」の意味が違う（というか参照している場所が物理的に違う）、
いくらISAPI側で、「SetEnvironmentVariable」しても
ASP側でその環境変数を取得することはできません。
という前提をいれた上で、どこに環境変数を設定し、取得したいのでしょうか？
というのをまずは整理してから、ご質問下さい。
１．Webサーバー上に登録されているWindows OSの環境変数を設定＆取得したいのか？
２．Webサーバー固有（IIS）で参照される環境変数を設定＆取得したいのか？
恐らく私の想像だと、２．なのかなと思いますが、もし、２．であれば、
HttpFilterContextのメソッドに、AddResponseHeadersというメソッドがあるので、
そいつを使えば、できたと思います。（SF_NOTIFY_PREPROC_HEADERSのタイミングでいけると思います）
DWORD MyClass::OnPreprocHeaders(CHttpFilterContext *pfc,
PHTTP_FILTER_PREPROC_HEADERS pHeaders)
{ char env_value[1024];
long env_value_len = 1024;
pHeaders->AddHeader( pfc->m_pFC, "envname:", "bbb" );
pHeaders->GetHeader( pfc->m_pFC, "envname:", env_value, &env_value_len);
}
動作確認していないので、これでいけるのか保障はありませんが、もし動かないとかあれば、またご相談ください。